037_ 093-119DP-TW
發佈日期 :
2009-04-29
| I252257 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 以生物晶片鑑定不動桿菌屬之重要菌種（全文下載） | |||||||||||||||||||||||||||||
| 2006/04/01 | |||||||||||||||||||||||||||||
| I252257 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 2004/11/30 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 093136925 | |||||||||||||||||||||||||||||
| C12Q-001/68;C12Q-001/04 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 33-10 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 郭雨嵐;林發立 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 本發明係提供一種鑑定不動桿菌菌種之DNA序列及含有該序列寡核酸探針的生物晶片，其主要原理係根據不動桿菌16S-23S核糖體核酸基因間隔區 (intergenic spacer region, ITS)之種特異性，針對各不動桿菌菌種設計出具有專一性的寡核酸探針，用以鑑定不動桿菌屬之菌種。 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 1一種用於鑑定不動桿菌屬醋酸鈣不動桿菌(Acinetobacter calcoaceticus)之寡核酸序列,係包括:SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7所示之序列、其互補股或衍生物。 2.一種用於鑑定不動桿菌屬鮑氏不動桿菌(Acinetobacter baumannii)之寡核酸序列,係包括:SEQ ID NO:8所示之序列、其互補股或衍生物。 3.一種用於鑑定不動桿菌屬基因種3(Acinetobacter genomic species 3)之寡核酸序列,係包括:SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:11所示之序列、其互補股或衍生物。 4.一種用於鑑定不動桿菌屬魯氏不動桿菌(Acinetobacter lwoffii)之寡核酸序列,係包括:SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:14所示之序列、其互補股或衍生物。 5.一種可用於鑑定不動桿菌屬基因種9(Acinetobacter genomic species 9)之寡核酸序列,係包括:SEQ IDNO:15所示之序列、其互補股或衍生物。 6.一種可用於鑑定不動桿菌屬基因種13TU(Acinetobacter genomic species 13TU)之寡核酸序列,係包括:SEQ ID NO:16或SEQ ID NO:17所示之序列、其互補股或衍生物。 7.一種可用於鑑定不動桿菌屬基因種15TU(Acinetobacter genomic species 15TU)之寡核酸序列,係包括:SEQ ID NO:18或SEQ ID NO:19所示之序列、其互補股或衍生物。 8.一種可用於鑑定不動桿菌屬(Acinetobacter)之寡核酸序列,係包括:SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4所示之序列、其互補股或衍生物。 9. 一種可用於鑑定不動桿菌之生物晶片,於該晶片上係固定有複數個探針,其中前述探針係可選自下列群組包括:SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19之寡核酸序列、其互補股、衍生物及其組合。 10.如申請專利範圍第1項至第8項中任一項所述之寡核酸序列,其中前述衍生物係指於前述序列或其互補股之3'端或5'端修飾其他核酸序列,使其仍和原序列具有70%或以上相似性之寡核酸序列。 11.如申請專利範圍第1項至第8項中任一項所述之寡核酸序列,其中前述衍生物係指於前述序列或其互補股之3'端或5'端修飾其他核酸序列,使其仍和原序列具有90%或以上相似性之寡核酸序列。 12.如申請專利範圍第9項所述之生物晶片,其中前述衍生物係指於前述序列或其互補股之3'端或5'端修飾其他核酸序列,使其仍和原序列具有70%或以上相似性之寡核酸序列。 13.如申請專利範圍第9項所述之生物晶片,其中前述衍生物係指於前述序列或其互補股之3'端或5'端修飾其他核酸序列,使其仍和原序列具有90%或以上相似性之寡核酸序列。 14.一種鑑定不動桿菌菌種之方法,係包括下列步驟: (a)自待測菌株萃取DNA; (b)利用適當之引子對以增幅萃取前述DNA中16S-23S核糖體DNA之ITS序列; (c)將前述步驟(b)之產物與申請專利範圍第9項所述之生物晶片進行雜交反應;以及 (d)藉由觀察步驟(b)之產物與前述晶片上何種探針具有正反應而判斷該待測菌株之基因種。 15.如申請專利範圍第14項所述之方法,其中前述步驟(b)係可使用聚合連鎖反應進行增幅。 16.如申請專利範圍第14項所述之方法,其中前述步驟(b)之引子對,其正向引子為SEQ ID NO:1;反向引子為SEQ ID NO:2所示之序列。 圖式簡單說明: 第一圖係為寡核酸探針在晶片上之配置圖。 第二圖顯示醋酸鈣不動桿菌LMG 1046T和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 第三圖顯示鮑氏不動桿菌BCRC 10591T和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 第四圖顯示基因種3 BCRC 15420和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 第五圖顯示魯氏不動桿菌BCRC 14855T和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 第六圖顯示基因種9 LMG 985和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 第七圖顯示基因種13TU BCRC 15417和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 第八圖顯示基因種15TU CCUG 26390和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 第九圖顯示不動桿菌屬非探針設計菌種Acinetobacter venetianus CCUG 45561T和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 第十圖顯示霍亂沙門氏桿菌(非不動桿菌屬)和正對照組在晶片上與寡核酸探針雜交後呈色結果。 |
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| 專利權異動 |
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| 申請案件狀態 |
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