校長室

副校長室

秘書室新聞中心、法律顧問室

邁向頂尖大學計畫推動總中心
教學組、研究及延攬人才組、基礎建設組、國際化組、教務處、註冊組、教學資訊組、學術服務組、招生組、進修推廣教育中心、體育室、師資培育中心、教師發展中心、雲嘉南區域教學資源中心、三創中心

學生事務處學生輔導組、生活輔導組、課外活動指導組、衛生保健組、僑生輔導組、生涯發展與就業輔導組、軍訓室、住宿服務組

總務處文書組、事務組、採購組、資產管理組、營繕組、駐衛警察隊

圖書館採編組、期刊組、典藏組、閱覽組、系統管理組、醫學院圖書分館、多媒體視聽組、資訊服務組

人事室
組織任免組、考核發展組、給與福利組、專案人力組

會計室
第一組、第二組、第三組、第四組

研究發展處
企劃組、建教合作組、儀器設備中心、機電維修組、創新卓越研究中心

國際事務處
國際合作組、國際學生事務組

財務處
出納組

研究總中心
行政組、企劃組、業務組、航空太空科技研究中心、資通安全研發中心、漁船及船舶研究中心、生醫材料暨心臟科學研究中心、職業安全衛生與職業醫學研究中心、金屬加工技術中心、建築科技研究與設計中心、環境研究中心、分子醫學研究中心、產業人才培訓暨會議展覽服務中心、佛學研究中心、先進動力系統研究中心、E化製造研究中心、鋼鐵技術研究中心、水質研究中心、電子陶瓷研究中心、防火安全研究中心、心臟醫療器材科學研究中心、蘭花研究中心、電機、資訊科技及人文研發中心、健康資料加值應用研究中心、綠色能源電子研究中心、衛星資訊研究中心、水科技研究中心、生物資源研究中心、再生醫學卓越研究中心、台灣語文測驗中心調查統計研究中心、品質與創新研究中心、科技治理研究中心防災研究中心、尖端光電科技中心、數位生活科技研發中心、祐生環控研究中心、醫學檢驗技術研究中心、機械科技研發中心、晶片系統研發中心、醫學資通訊軟體中心、奈米粉體科技研究中心、車輛行車事故鑑定研究中心、公共工程研究中心、客家研究中心、肝臟醫學生物科技研究中心、農業生物技術研究中心、健康城巿研究中心、性別與婦女研究中心、軌道運輸中心、技轉育成中心、太陽能電池暨固態照明科技中心、環境資源研究管理中心、德國研究中心、石油策略研究中心、海洋生物及鯨豚研究中心環境微量毒物研究中心、馬達科技研究中心、近海水文中心、大地資源研究中心、國土研究中心、資源再生及管理研究中心、公共事務研究中心、能源研究中心、產業永續發展中心、紡織技術發展卓越中心、微奈米壓印技術與元件中心、環境保護暨安全衛生中心、企劃組、環境保護組、安全衛生組

計算機與網路中心
行政及諮詢組、網路作業組、教學研究組、校務資訊組

校友聯絡中心
臺北校友會、高雄校友會、臺南校友會、桃園校友會、苗栗校友會、臺中校友會、新竹校友會、雲林校友會、金門校友會

人文社會科學中心
研究教育組

藝術中心
展示組、演藝組、教育組

博物館
典藏組、研究組、推廣組

生物科技中心
教學組、研究組、企劃組

微奈米科技研究中心
行政業務組、共同實驗室組、研究教育組、技術推廣組

通識教育中心

文學院
中國文學系、外國語文學系、歷史學系、藝術研究所、台灣文學系、華語中心、外語中心

理學院
數學系、物理學系、光電科學與工程研究所、化學系、地球科學系暨衛星資訊暨地球環境研究所、太空天文與電漿科學研究所

工學院
機械工程學系、工學院機械工廠、化學工程學系、工學院化工工廠、資源工程學系、材料科學及工程學系、土木工程學系、水利及海洋工程學系、工程科學系、醫學工程研究所、系統及船舶機電工程學系、航空太空工程學系、民航研究所、環境工程學系、測量及空間資訊學系、奈米科技暨微系統工程研究所、海洋科技與事務研究所、電機資訊學院、製造資訊與系統研究所、電機工程學系、電機資訊學院電機工廠、資訊工程學系、光電工程學系、微電子工程研究所、醫學資訊研究所、電腦與通信工程研究所

規劃與設計學院
建築學系、都巿計劃學系、工業設計學系、創意產業設計研究所

管理學院
工業與資訊管理學系、資訊管理研究所、交通管理科學系、電信管理研究所、企業管理學系、國際企業研究所、會計學系、財務金融研究所、統計學系、國際經營管理研究所、體育健康與休閒研究所

醫學院
醫學系、解剖學科暨細胞生物與解剖學研究所、生物化學科暨生物化學暨分子生物學研究、生理學科暨研究所、微生物學科暨微生物及免疫學研究所、藥理學科暨研究所、寄生蟲學科、病理學科、工業衛生學科暨環境醫學研究所、公共衛生學科暨研究所、內科學科、外科學科、骨科學科、麻醉學科、婦產學科、小兒學科、眼科學科耳鼻喉學科、泌尿學科、皮膚學科、神經學科、精神學科、放射線學科、核子醫學科復健學科、家庭醫學科、口腔醫學科暨研究所、急診學科、職業及環境醫學科、醫學檢驗生物技術學系、護理學系、物理治療學系、職能治療學系、臨床藥學研究所、基礎醫學研究所、行為醫學研究所、分子醫學研究所、臨床醫學研究所、健康照護科學研究所、藥學生物科技研究所、老年學研究所、動物中心、教學資源中心

社會科學院
政治學系、經濟學系、政治經濟學研究所、教育研究所、法律學系暨科技法律研究所、認知科學研究所、心理學系、生物科學與科技學院、生命科學系、生物多樣性研究所、生物科技研究所、熱帶植物科學研究所、生物資訊與訊息傳遞研究所

附設醫院

院長室

內科部
一般內科、胸腔內科、胃腸肝膽科、心臟血管科、內分泌新陳代謝科、感染病科、血液腫瘤科、過敏免疫風濕科、腎臟科、血液透析室、呼吸治療室心肺室、內視鏡室、老年科

外科部

一般外科：胸腔外科、心臟血管外科、小兒外科、整形外科、神經外科、直腸外科、移植外科

泌尿部：男性生殖科、泌尿腫瘤、科神經泌尿科、一般泌尿科

眼科部：眼角膜科、視網膜科、眼腫瘤整型科、青光眼科

耳鼻喉部：耳科、喉科、小兒耳鼻喉科

骨科部：一般骨科、運動醫學骨科、脊椎骨科、小兒骨科

皮膚部：皮膚外科、皮膚病理科、皮膚感染免疫科、皮膚光療科

精神部：癲癇科、臨床神經生理科、腦血管疾患科、行為神經科動作障礙科

麻醉部：臨床麻醉科、基礎麻醉科、疼痛科、重症醫學科、家庭醫學部家庭醫業科、社區醫學科、預防保健科、行為科學科

復健部：一般復健科、骨關節疾病復健科、神經復健科

藥劑部

婦產部：婦女腫瘤科、母體胎兒醫學科、生殖內分泌科、優生保健科一般婦產科小兒胸腔科、小兒內分泌科、小兒腸胃科

小兒部：一般小兒科、新生兒科、小兒神經科、小兒感染科、小兒遺傳科、小兒血液腫瘤科、小兒心臟科、小兒腎臟科、小兒免疫科

口腔醫學部：口腔診斷及一般牙科、牙髓病科、牙周病科、補綴及咬合牙科兒童牙科、齒顎矯正牙科、口腔顎面外科、牙體復形科

病理部：解剖病理科外科病理組、細胞病理組、細胞遺傳組、生化組、血液組、免疫血清組、病毒組、微生物組、血庫組、外科病理科、分子診斷組、分子病理科

急診部：急診內科、急診外科、災難醫學科、門診部、臨床醫學研究中心、放射線診斷部、神經放射線科、超音波室、一般放射線科、胸心血管放射線科、腹部影像科

放射線腫瘤部

核子醫學部：影像診斷科、放射性免疫分析科、腫瘤中心、腫瘤外科、腫瘤放射科、遺傳中心

職業及環境醫學部

院長室

秘書室

企劃室

人事室

會計室

資訊室

教材室

工務室

勞工安全衛生室

公共事務室

資材供應室：採購組、保管組、供應組、調整配制組

營養部

總務室：事務組、出納組、文書組、環管服務組、勤務組、駐警隊

社工部

品質管理中心

教學中心

醫療事務室：住院組、病歷組、疾病分類組、病歷檔案組、醫療服務組

護理部：社區護理組、6A病房、6B病房、6C病房、7A病房、7B病房、7C病房、8A病房、8B病房、8C病房、9A病房、9C病房、燒傷、嬰兒室、產房、急診、感染管制中心、內加護一內科加護病房、新生兒加護病房、開刀房、小兒加護病房、呼吸加護病房、外科加護一、外科加護二、10A病房、10B病房、10C病房、安寧療護病房、11A病房、11B病房、11C病房、12A病房、精神科病房、精神科日間病房、骨髓移植室、心臟加護病房、居家安寧病房、內科加護二、婦產科病房、門診、小兒科、呼吸照護中心

斗六分院院長室

斗六分院內科部

斗六分院一般內科部

斗六分院胸腔內科

斗六分院胃腸肝膽科

斗六分院胃腸肝膽科

斗六分院心臟血管科

斗六分院內分泌新陳代謝科

斗六分院過敏免疫風濕科

斗六分院腎臟科

斗六分院老人科

斗六分院外科部

斗六分院一般外科

斗六分院泌尿科

斗六分院骨科

斗六分院皮膚科

斗六分院精神暨長期照護部

斗六分院麻醉科

斗六分院家庭醫學科

斗六分院復健科

斗六分院藥劑部

斗六分院婦產科

斗六分院病理檢驗科

斗六分院放射線診斷科

斗六分院管理中心行政組

斗六分院管理中心人事組

斗六分院管理中心會計組

斗六分院管理中心總務組

斗六分院管理中心醫療事務組

斗六分院護理部

斗六分院五官科部

斗六分院門急診部

斗六分院中醫部

斗六分院管理中心

退休人員

附設高級工業職業進修學校
教學組註冊組、學務組、庶務組、生活輔導組、人事室、教師辦公室

工程科技推展中心

貴重儀器使用中心

儀器科技研究中心南部儀器維修站

嚴慶齡中心

合作社

附設幼稚園

研究發展基金會

水工試驗所
現場調查組：分析研究室、調查規劃室、水質檢驗室

水工模型試驗組：模型試驗場、試驗規劃及研究室、量測系統應用研究室

數理組

資料庫及地理資訊系統組

行政管理組：財務管理室、行政室、資訊管理室、計畫管理室、地層下陷防治服務團、水利產業知識化育成中心